A B-RAF gén szintén az EGFR jelátviteli útvonal tagja, és a daganatok ~7-8%-ban mutáns: melanómák ~45%-ban, pajzsmirigyrákok ~40%-ban, vastagbél daganatok 15%-ban kimutatható a mutációja. Eddig több, mint 100 különböző mutációját írták le ennek a génnek, de a leggyakoribb a 600-as pozícióban található (V600E), ami az összes mutációk több, mint 90%-a. A BRAF V600E mutációja következtében a sejtek növekedési faktortól független, kontrollálatlan növekedése következik be, ezért ennek a jelenlétében hatástalanok maradnak az EGFR-gátló gyógyszerek.